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科研进展

Natural Object Identifier · 自然索引发布

文章来源:中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室  |  发布时间:2021-08-24  |  作者:徐洲锋  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

  “如果每位研究者,在使用一个物种学名时都能够附上参考文献,那么分类学一定会是影响因子最高的学科之一”,圈子里时常可以听到这样的牢骚。在自然科学的发生发展过程中,对事物性质的区分与对事物变化规律的研究,一直是相辅相成、难分伯仲的。这一点不管是在不同层次的自然对象研究之中,还是在脱离了具体研究实体的纯粹数学领域均是如此。因此对于物种的分类,特别是那些有赖于主观经验的分类,当前的挑战主要还是来自于量化研究的困难。尤其是进行多维度、大规模数据的信息提取和分析一直是相关领域协力而为的目标。其中,如何解决计算机在系统内和系统间发现、识别、访问、重用生物多样性数据,则是在宏观层面上与这一目标最为相关的基础课题。Natural Object Identifier · 自然索引(以下简称 NOI)就是针对这一问题的一次尝试。 

  1. NOI的理念是All Link Togather 

  植物分类学家经常需要尽可能的访问多个站点,以便查阅更多的数字标本。这就像所有的内容被写在了不同的书籍上,我们必须逐本翻看,才可以获得完整的信息。NOI 的目标则是为这些书籍建立一个统一的索引,通过这一索引(https://noi.link),用户不仅可以一次性检索多个站点的资源,还可以借助地址映射,直接访问到源站点中相应资源的详细内容。通过索引而非数据的聚合,NOI 有效规避了数据管理和数据权属难以统一的问题,从而为跨机构、跨平台的资源发现与访问、标识和评价创造了可能。

 

NOI 官方网站 https://noi.link 

  截止目前,通过各方合作,NOI 首期上线的资源,聚合了包括中国数字植物标本馆(CVH)、中国科学院昆明植物研究所标本馆(KUN)、生命观察(Biotracks)、国家重要野生种质资源库(GBOWS)、国家标本平台(NSII)等国内在线平台近 190 万条植物标本、物种观察记录和活体材料的信息索引。同时,基于各类知识共享协议,我们还收集包括英国皇家植物园标本馆(K)、英国爱丁堡植物园标本馆(E)、美国史密森自然历史博物馆(US)、巴黎自然历史博物馆(P)、密苏里植物园(MO)等境外机构收藏的40多万份中国植物标本的信息(含诸多模式)。

  NOI 为这些资源总共分发了 229 万个 NOI 号,未来我们还将继续与各方密切合作,不断提高资源索引量。

  2. NOI 是一个资源标识平台  

  类似于 DOI,NOI 中的每份资源,都会获得一个用于身份标识的资源标识符(比如 NOI:668517),每一个标识符都有一个持久的、全球唯一的 URL 链接(比如https://noi.link/NOI:668517),该链接将永久的指向该 NOI 指代的资源。同时,用户在 NOI 上查看资源时 NOI 还可以为每份资源生成一个规范的文献引文,比如下面这一份来自于 KUN 的 1208714 号标本的文献引文:

  杨增宏, 95-1473. 1995-04-01. 中国, 云南省, 文山壮族苗族自治州, 麻栗坡县. 昆明: 中国科学院昆明植物研究所标本馆, 2020-12-04T14:39:40+08:00. https://noi.link/NOI:668517 

  不同于 DOI 的层级码,NOI 采用双码制。即一份资源可以有两个唯一编码。其中一个编码是 NOI 平台主动分配给对象的 NOI 码;另一个为资源发布者注册时提交的编码,该编码同样需要确保全球唯一性。对于植物标本馆,我们推荐使用“国际标本馆代码:内部唯一编号”组成,其中唯一编号建议尽可能使用已经条形码化的编号,以降低人工编排和转录出错的概率。对于资源的引用,两个编码是等效的,比如对于上个引文,下方引文是完全等同的:

  杨增宏, 95-1473. 1995-04-01. 中国云南省文山壮族苗族自治州麻栗坡县昆明中国科学院昆明植物研究所标本馆, 2020-12-04T14:39:40+08:00. https://noi.link/KUN:1208714 

  两个引文中, 第一个引文的 NOI 号是由 NOI 分发,不可改写,因此可以保证绝对稳定;第二个引文中的机构资源编码,则是由机构分配,错误时可以改写,因此只能保证相对稳定。任何时候,双码一一对应,都可以指向同一对象。因此前者更适合作为长期引用使用,后者更适合机构内部使用(如果对内部编码体系有足够的信心,也可以直接将其作为稳定的链接推荐给外部人员使用)。

  除此之外,双码制还可以很好的兼顾异步分码的需求,在资源未被真实注册时,可以利用内部码先生成引用链接(比如 https://noi.link/KUN:1208714),在完成 NOI 注册之后这些链接即可被激活使用,而同一资源通过不同平台注册NOI,内部码的存在也可以保证不同资源提交的索引都可以指向同一个NOI。

  3. NOI 是一个引文生成平台 

  NOI 不仅可以生成引文,还可以将多个引文打包为 BibTex 文件,该文件可以被导入到常用的文献管理软件中,从而可以像管理文献一样管理标本资源。

 

导入 Papers 文献管理软件中的标本索引,你可以像普通文献一样将其插入到自己撰写的论文之中 

  除此之外,NOI 同样支持将多条记录合并为单个合集。合集会有自己的访问页面、标识符和文献引文。不同于单条记录的标识符前缀为 NOI, 在 NOI 中合集和数据集的标识符前缀为 NOISET,而合集的文献引文内容则会根据合集创建者的身份信息自动生成。

 

这里演示了将多份杜鹃花属模式标本合并为一个合集,该合集具有唯一的 NOISET 标识符和访问链接,同时还会生成规范的文献引文: 

徐洲锋. Type Of Rhododendron. 中国科学院昆明植物研究所. 2021-01-17T23:36:25+08:00.https://noi.link/NOISET:1 

  4. NOI 是一个 1+1 > 2 的平台  

  NOI 既可以为普通用户提供多个站点的资源访问和标记服务,也同样欢迎更多的组织和机构加入 NOI。NOI 的专题账户可用于特定专题、课题组、学术群体、自然观察组织的注册。这些账户不仅能够批量注册、检索、更新和利用 NOI 索引,还可以将账户的名称作为文献引文的组成部分,以被其他用户引用。对于缺乏程序适配能力的专题账户,我们还会为相关成员提供数据清洗、转换和装载等方面的程序工具,这些工具不仅可以协助用户注册 NOI, 还可以简化生物多样性相关的数据工作。

  在 NOI 上设立专题,其实是相互增益的,这主要体现在:

  (1)对于尚无在线平台以承载自身数据的组织或团体,可以借助 NOI 宣传自己,并对外提供数据服务。

  (2)对于中小型数据平台,资源的直接访问量通常是比较有限的。借助 NOI 将其与其他平台的索引汇集在一起,信息的规模和维度都会互相得到加强,相应平台的访问流量和服务价值必然会同步得到提升。

  (3)实现索引而非数据的聚合,也为国内未来生物多样性数据的真正汇集创造了一个良好的缓冲,并将促使领域更多的关注学科更深层次的需求,因此从长远来看会有利于国内生物多样性信息学平台的发展,也是对目前各类国字号平台的有益补充

  5. NOI 是一个注重个人价值的平台 

  对于个人账户,受限于数据权责,目前仅支持将个人开发和整理的各类软件和数据集的摘要发布到 noi.link。这些软件或数据集可以是已经发布到期刊上的,也可以是尚未发布的。其他用户可以在网站上浏览、引用和下载这些资源,或者通过联系方式,获取资源。除此之外,个人账户还能够搜索、收藏、管理、分享和引用其他资源索引。NOI 未来也会为个人用户提供更多的扩展服务。

  6. NOI 是谁资助的 

  NOI 由国家标本平台(NSII)、国家重要野生植物种质资源库(GBOWS)联合资助。

(责任编辑:李雪)

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