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昆明植物所在杜鹃花属数据库的构建上取得进展

文章来源:中国西南野生生物种质资源库  |  发布时间:2021-05-27  |  作者:刘宁雅文  |  浏览次数:  |  【打印】 【关闭

 

  杜鹃花泛指杜鹃花科 (Ericaceae) 杜鹃花属 (Rhododendron L.) 植物。杜鹃花属物种极其丰富,全世界杜鹃花属植物超过 1000 种。杜鹃花属植物因具有极高的观赏和药用价值而闻名,在世界各地得到广泛栽培,已有几百年的历史。随着测序技术的进步,杜鹃花属成员的基因组和转录组及其他多组学数据已经被测序并由世界各地不同的实验室相继公布,为杜鹃的遗传育种奠定了坚实的基础。我国作为杜鹃花分布的中心之一,其中第一个测序发表的杜鹃基因组便是由云南省花卉所发布的马缨杜鹃(R. delavayi)。随着多组学数据的不断增加,为了有效地存储、整合和分析这些大规模的数据集,保证数据的一致性、独立性和可维护性,亟待建立一个综合性的整合分析平台。

  近日,由昆明植物研究所植物基因组演化与基因功能发掘团队章成君课题组构建的一个杜鹃花属数据库RPGDRhododendron Plant Genome Database, http://bioinfor.kib.ac.cn/RPGD/)已经发布。其整合了来自杜鹃花属已测序发表的三个基因组数据,马缨杜鹃、圆叶杜鹃(R. williamsianum)和映山红(R. simsii)若干转录组数据和叶绿体基因组数据,并使用多种软件流程对这些数据进行详尽的分析。得到了包括功能注释,基因表达谱,基因家族,转录因子,同源基因,简单序列重复等数据。该数据库平台基于LAMP框架和已分析得到的众多数据,构建了搜索引擎和许多实用的工具,包括 BLASTJBrowse、同源基因、基因组共线性浏览器、两侧序列浏览器、表达量热图绘制、富集分析和批量下载等。这些工具将会为那些缺乏生物信息经验的课题组提供一个有效的分析手段。未来RPGD还会不断的更新数据,并且发新的功能模块,将为所有从事杜鹃花研究的人员提供了一个全面的、有极大帮助的平台。相信 RPGD 将成为杜鹃花属研究中不可或缺的重要工具。

   RPGD数据库以题名The Rhododendron Plant Genome Database (RPGD): a comprehensive online omics database for Rhododendron发表在BMC Genomics上。上述研究成果,由国家自然科学基金(31760231)、国际花卉技术创新中心建设及成果产业化(2019ZG006)、科技领军人才培养(2016HA005)、国家自然科学基金青年项目(32000180)等科研基金的资助。昆明植物所硕士研究生刘宁雅文为该论文的第一作者,云南省农科院花卉所王继华研究员与昆明植物研究所章成君研究员为共同通讯作者。

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Fig 1. Screenshots of online tools page 

   

Fig 2. Genome synteny viewer 

(责任编辑:李雪)

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