羊肚菌是珍稀名贵的食用和药用真菌，在国内外市场备受青睐，干品价格高达2000元/kg。由于该属物种形态特征高度可塑，仅靠传统的形态学特征基本无法辨别物种。过去我国报道的新分类单元仅5个，且种间区别不易界定。该属个别种有望实现商业化栽培，但尚无可靠的物种识别标准或物种DNA条形码，也无准确的科学名称，这既不利于知识产权申请，也不利于今后的良种选育。开展羊肚菌物种多样性、系统发育与起源演化研究，可为羊肚菌人工栽培、物种资源利用与保护提供科学依据。

中国科学院昆明植物研究所杨祝良研究组，在2003–2011年间对我国21省市羊肚菌资源进行了广泛野外调查和采集，积累标本900余份，在形态学研究基础上，对其中的361份进行了ITS测序，据此筛选出可能为不同物种的代表标本70份，利用另外4个分子标记对它们进行了测序，结合业已发表的有关序列，与美国农业部O’Donnell实验室合作，采用新近流行的分析方法，对羊肚菌属的物种多样性、起源时间、分布格局、扩散路线和演化历史进行了研究。部分研究成果已在真菌学主流期刊Fungal Genetics and Biology在线发表（http://dx.doi.org/10.1016/j.fgb.2012.03.006）。

该文的主要新意在于：发现中国共有30个物种，其中20种迄今仅见于中国，11种为新物种，中国的物种比整个欧洲的或北美的都多，提出东亚或中国是羊肚菌属的现代物种多样性中心；羊肚菌属可能在晚侏罗纪至早白垩纪时起源于北美西部，多数物种可能通过白令陆桥传播至亚洲，并且欧亚物种之间进行过交流和扩散；晚中新世时，干旱和气候的变化导致了北美和欧洲两地区部分物种灭绝，生境的片断化引起部分异域物种形成；青藏高原隆升与物种分化有密切联系，东亚约90%的物种是自中中新世至今分化出来的（见附图）。

该研究得到NSFC-云南联合基金重点项目（U0836604）、国家重点基础研究发展计划（2009CB522300）等资助。