一、1938～1949年，建所创业时期 

　　地域特殊、地貌复杂、气候多样，云南孕育的植物种类十分丰富，是国内外学者关注的热点地区。最早采集中国植物标本的是欧洲人，可追随到17世纪中叶，在过去的400多年里，到中国采集植物的外国人达300余人，采集标本达120多万份，中国植物物种70％以上的模式标本存于国外各大标本馆。从19世纪开始国外学者足涉云南，考察和采集植物标本，有英国外交官A. Henry、法国人P. Vial、H. Leduc、Tanant（均为法国驻蒙自领事）等，20世纪有法国人J. P. Cavaletie、F. Ducloux（均为法国天主教神甫）、英国人F. Kingdon Ward（植物学家和探险家）、G. Forrest（爱丁堡采集员）、奥地利人H. Handel-Mazzetti、瑞典人H. Smith等。中国学者钟观光开国人赴云南采集之先河，1919年到大理采集标本。此后，秦仁昌、蒋英、郑万钧、汪发缵、郝景盛、刘慎谔、俞德浚、蔡希陶、王启无、冯国楣等先后入滇采集，为昆明植物所前身云南农林植物研究所的成立奠下基础。 

　　1938年，北平静生生物调查所和云南省教育厅合办的云南农林植物研究所成立，胡先骕任所长（1938-1950），严楚江任副所长（1938-1940），次后，汪发缵（1938-1940）、郑万钧（1940-1943）、俞德浚（1943-1947）、蔡希陶（1947-1950）任副所长。 

　　成立于抗战烽火中的农林植物所，集聚了胡先骕、严楚江、汪发缵、唐进、陈封怀、陈焕镛、匡可任、王启无、郑万钧、俞德浚、张英伯、蒋英、蔡希陶等著名植物学家，在云南省政府的支持下，进行了包括森林树种、经济植物、药用植物的调查采集、烟草的引种栽培试验、云南松地理种源的生态习性观察和重要乔灌木植物的繁殖试验等多项研究。编辑出版年度研究汇报。 

　　二、1950～1976年，巩固、恢复时期 

　　1950年，昆明解放后，原云南农林植物研究所被接收改建为中国科学院植物分类研究所昆明工作站，蔡希陶任主任。 

　　在中国科学院和植物研究所的领导和部署下，昆明工作站集中主要科研人员参加了橡胶宜林地考察、经济植物的引种栽培试验研究、茶花的生物学特性观察和栽培栽培研究、云南热带生物资源考察和中苏联合考察紫胶寄主植物资源联合考察等与国家经济建设密切相关科研任务。建立了植物分类组、种苗组、标本分类组、植物园、图书资料组等科研组织，筹建元江保植站。此期间，一批大学毕业生分配到所工作，增加工作站的新生力量。 

　　1957年，三幢品字形科研大楼竣工，极大改善昆明工作站的科研硬件条件。昆明工作站的科研工作紧密结合国家需求是这一时期的特点。 

　　1958年，开始筹建昆明植物研究所，向中国科学院上呈报昆明工作站转升昆明植物研究所的请示报告。 

　　1959年，中国科学院批准成立中国科学院昆明植物研究所，任命吴征镒为所长，蔡希陶、蒲代英为副所长。同年，开建西双版纳热带植物园，蔡希陶兼任主任，周凤翔任副主任。 

　　1962年，改为中国科学院植物研究所昆明分所，吴征镒任所长，蔡希陶、蒲代英任副所长。 

　　1966年，昆明分所的科研单元有植物分类研究室、植物资源化学研究室、植物生理研究室、昆明植物园、地植物组、土壤组等研究单元，西双版纳热带植物园、大勐笼热带森林生物地理群落站、丽江高山植物园、元江引种站的建成，扩大了研究所研究领域的覆盖面。昆明植物所进入新的发展阶段。 

　　同年，文化大革命开始，原所领导靠边，成立革命委员会筹备组，罗鸿源任组长，李生堂、张斌任副组长。 

　　1968-1970年，成立中国科学院植物研究所昆明分所革命委员会，主任暂缺，何泰怡、刘忠福、蔡友昌任副主任。 

　　1970年，整所下放云南省管理，改为云南植物研究所，归口云南省科委领导。 

　　1971年，吴征镒任所革命委员会主任，增加赵元祯（1971-1976）、晋绍武（1974-1976）、陈家杰（1975）、张敖罗（1975-1976）、段亚华（1975-1976）为副主任。西双版纳热带植物园改为云南热带植物研究所，归口云南省科委和西双版纳自治州双重领导。 

　　整个文化大革命期间，军宣队、工宣队进驻研究所，以“文革”为主，延续十年，科研基本停顿，时光耽误。所幸昆明植物所的整体建制和主要实施设备未受重大损坏。1976年后，迎来科学的春天，昆明植物所犹如青春焕发，得以迅速复兴。 

　　三、1977-1996年，科技体制改革和发展时期 

　　1978年，中国科学院决定收回原属研究所，改为中国科学院昆明植物研究所，原所革命委员会于1979年撤销，恢复所长制，中国科学院任命吴征镒为所长，蔡希陶（1979-1981）、张敖罗（1979-1983）、徐达（1980-1986）、周俊（1980-1986）、车奇云（1982-1983）为副所长。时云南热带植物研究所更名为中国科学院云南热带植物研究所。 

　　1983-1986年，中国科学院任命吴征镒为名誉所长，周俊任代所长，1985年，正式任命周俊为所长，苏蓉生（1983-1985）、王守正（1983-1986）、陈书坤（1985-1986）为副所长。 

　　1987年，中国科学院决定调整云南的生物研究所，将云南热带植物研究所的群落室与昆明分院生态研究室合并建中国科学院昆明生态研究所，其他部分合并昆明植物所，新建民族植物研究室。吴征镒任名誉所长，周俊任所长，裴盛基、陈书坤、王守正（1987-1988）、许再富任副所长。 

　　1990-1994年，中国科学院任命孙汉董为所长，许再富、吕春朝、辛正才为副所长。 

　　1995-1998年，中国科学院任命许再富为所长，郝小江为常务副所长、吕春朝为副所长。1996年底，中国科学院决定西双版纳热带植物园从昆明植物所建制分出，昆明生态研究所整所并入西双版纳热带植物园。许再富任调整后的西双版纳热带植物园筹建组长。 

　　四、1997～2008年，科技创新时期 

　　1997-2001年，昆明植物所领导班子提前换届，任命郝小江为所长，刘培贵、李德铢、杨永平为副所长。 

　　2002-2005年，任命郝小江为所长，孙航为常务副所长，刘培贵、李德铢、杨永平为副所长。 

　　2006-2008年，任命李德铢为所长，孙航、刘吉开、杨永平、甘烦远为副所长。 

　　在“改革开放”方针的指引下，国家进入以经济建设为中心的新时期，科技体制改革向纵深发展。1987年和1996年经历两次重大体制调整后，在国家和中国科学院的关怀和支持下，昆明植物所建成植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、生物地理与生物多样性院重点实验室和中国西南野生生物种质资源库等重点研究单元，学科布局和科研特色进一步优化；综合科研大楼、国家重点实验室大楼、种质资源库大楼、标本馆、图书馆、物业中心大楼、研究生公寓和文化广场等竣工，科研区建设焕然一新；科研实施设备和仪器装备得到大幅提升；研究生培养体系进一步完善，科研队伍的素质、结构和数量空前提高和改善，一代年轻而优秀的科技人员肩负着科技创新的重任，昆明植物所进入崭新的知识创新发展时期。