1958年，吴征镒调昆明，任昆明植物研究所所长。那时，昆明植物所在中国科学院和云南省关怀下，已建成三幢品字型大楼。居中的央一幢含标本馆、图书馆和行政办公室。所长办公室设在二楼右边的一间约20平米的房间里。那时这间办公室还算“阔气”的了。办公室的陈设很简单：满屋书架，一张是放标本、看标本用的长方桌，还有一张写字桌加一个简易沙发。满屋书籍、满桌资料加标本是其特色。“文革”前，吴老在这间办公室工作八年，其实除去野外考察、外出公差的时间，在办公室的时间不足四年。

“文革”十年，他离开这间办公室也十年，后办公室设在标本馆，与陈介先生共室。以后，因腿伤扶杖而行，为方便他办公，将办公室改设在职工宿舍24栋102室，他家的对面。在这里，吴老一待就是二十多年。这间由宿舍改成的办公室，陈设更加简易，家具、书架是用旧利废，书架有木制的、有铁制的，沙发很陈旧，一目了然，不变的是书籍满屋，资料满桌，全然是在书山文海中。在这里，吴老边读边写，系统总结，完成了《中国被子植物科属综论》、《中国植物志（总论）》、《种子植物分布区类型及其起源与分化》、《中国种子植物区系地理》等四部专著，提出了被子植物“八纲系统”的新分类系统以及被子植物“多期、多系、多域”起源理论。也是在这里，吴老腿伤逐渐加重，办公室转入对面家里的卧室，就更加简陋了。与现代的办公室相比，差之一毫，离之千里。

刘禹锡（字梦得）著《陋室铭》，曰：“山不在高，有仙则名；水不在深，有龙则灵。斯是陋室，唯吾德馨。”又曰：“无丝竹之乱耳，无案牍之劳形。”全然是吴老一生在办公室的写照。“孔子曰：何陋之有？”吴老办公室乃“南阳诸葛庐，西蜀子云亭”也。