山茶属是山茶科中包含许多举世闻名经济植物的一个重要类群，包括为人类提供天然保健饮料的茶（Camellia sinensis var. assamica 和C. sinensis var. sinensis）；健康型高级食用植物油的油茶（C. oleifera）以及观赏花卉云南山茶（C. reticulata）、金花茶（C. petelotii）等。然而，迄今为止，山茶属植物遗传学与基因组学研究背景相当薄弱，频繁的种间杂交和多倍化也导致其分类鉴定与系统发育研究十分困难。 

　　叶绿体基因组序列已经被成功地运用于许多物种的分类鉴定和系统关系研究。由于叶绿体基因组较为保守，序列片段变异速率适中；而且叶绿体DNA属于母系遗传，不受遗传重组的影响，因此叶绿体基因组信息的获得不仅对于揭示物种亲缘关系和进行植物系统发育分析有重要意义，还能为植物DNA条形码以及植物叶绿体遗传转化提供大量重要数据信息。 

　　中国科学院昆明植物研究所国家大科学装置中国西南野生生物种质资源库植物种质资源与基因组学研究中心高立志课题组从2006年以来对山茶属中的重要类群进行了系统深入的研究。本研究按照闵天禄系统，利用Illumina高通量测序平台对山茶属中茶组10个物种或变种，离蕊茶组1个物种，油茶组1个物种和山茶组1个物种的叶绿体基因组进行测序，获得13个叶绿体基因组序列。研究结果发现，山茶属植物叶绿体基因组高度保守，呈现典型的四分体结构，各个物种间IR区的扩张与收缩变异微小。对山茶属系统发育关系最远、充分代表山茶属系统发育关系多样性的4个组的代表种（Camellia sinensis var. assamica, C. oleifera, C. reticulata, C. petelotii）以及分类位置一直存在颇多争议的毛肋茶（C. pubicosta）进行了深入的比较分析，结果表明，无论是重复片段、简单重复序列的类型和数量，还是叶绿体基因组序列间的核苷酸替换、插入、缺失和S/I（substitution/indel）结果，以及基于叶绿体基因组序列重建的山茶属茶组植物系统发育关系，一致支持C. sinensis var. assamica与C. pubicosta具有较近的亲缘关系，认为张宏达系统中将毛肋茶归入茶组是合理的。通过对叶绿体基因组不同区域的序列分歧度的计算，发现叶绿体基因组序列进化速率不受功能限制而是受区域限制。此外还鉴定、筛选出15个分歧度超过1.5% 的序列作为分子标记，为以后山茶属植物的分类鉴定与系统发育研究提供了重要的信息。

    上述研究结果以“Thirteen Camellia chloroplast genome sequences determined by high-throughput sequencing: genome structure and phylogenetic relationships” 为题发表在BMC Evolutionary Biology 2014, 14:151 http://www.biomedcentral.com/1471-2148/14/151。

山茶属茶组及该属其它代表物种的比较叶绿体基因组学分析