2010年迄今为止，中国科学院昆明植物研究所自主部署项目共有26项，2012年6月该所组织专家对26个项目集中进行了中期检查，其中10个项目执行情况被评为优秀，其他项目执行情况良好。研究所自主部署项目的资助促进了该所优秀中青年人才队伍的建设，并且取得了较好的研究进展和成果。

获得优秀的项目取得的主要研究成果如下：

1.肖伟烈主持的“五味子科和木兰科药用植物的结构新颖化学成分及生物活性研究”已经发表7篇SCI论文，其中2篇影响因子5以上；

2.普建新主持的“横断山区香茶菜属植物生物活性成分及其应用基础研究”已对三种高原地区产的香茶菜属植物（川藏香茶菜，细叶香茶菜，腺叶香茶菜）的化学成分开展了系统性研究，并从中分离得到了272个化合物，其中新化合物139个，并且入选2011年云南省第十四批中青年学术和技术带头人后备人才计划；

3.聂泽龙申请到美国Smithsonian Institution 的博士后奖学金的资助将对菊科香青和火绒草的进行深入研究；

4.李艳春在研究所自主部署项目“广义粉孢牛肝菌属的支系发生与演化研究”的资助下，发现一新属臧氏牛肝菌属（Zangia Yan C. Li & Zhu L. Yang），并对其中的物种进行了仔细研究，该属现知6 种，包括4 新种和2 新组合。研究发现有的种可能是在东喜马拉雅-横断山抬升中在近期分化出来的，菌根真菌的宿主专一性或偏好及地理隔离可能导致了物种分化；

5.许刚主持的“唇形科鼠尾草属植物分类学与植物化学的综合研究”主要是对宾鼠尾草（Salvia dugesii）和滇丹参(S. yunnanensis) 进行化学成分和分类学进行研究，目前从以上两种植物中共分离鉴定化合物80多个，其中新化合物15个，并对所得化合物进行了抗肿瘤与昆虫拒食活性研究，发现部分化合物活性显著，目前发表研究论文2篇，申报专利1项；

6.李爱荣在“中国秋海棠属植物的系统分类及特色资源的评价和保护”所级项目的资助下，选用了多个秋海棠原种及品种进行了杂交育种研究，获得了7 个具有多种优良性状的杂交种，目前已经通过了新品种鉴定，并就秋海棠新品种培育技术提交了两项专利申请；

7.葛再伟主持的“西南真菌资源调查、代表类群蘑菇科的分类及系统发育研究”项目目前共采集真菌标本1600余份，成功分离菌株50余株，收集分子物种演化及分子系统学研究材料800余份，并着重对小蘑菇属及其近缘属的标本进行了研究，发现我国蘑菇科的3个新记录属（海氏蘑菇属Heinemannomyces疣孢菇属Verrucospora和小蘑菇属Micropsalliota）、若干个个新种和新纪录种；

8.刘海洋“新型胰岛素增敏剂银线草醇D的构效关系及作用机制研究”已经发表SCI论文2篇,乌药烷型二聚倍半萜类化合物在治疗糖尿病药物中的应用获得了授权专利；

9.高连明主持的“杜鹃花属的系统发育与物种形成研究”目前已收集国内杜鹃花属材料182种（含变种），1500多份标本，植物DNA条形码评价工作的部分内容，文章即将在线发表在美国国家科学院院刊“Proceedings of the National Academy of Sciences USA”上（China Plant BOL Group 2011, PNAS doi/10.1073/pnas.1104551108）；

10.曾春霞主持的“筱竹复合群的系统学研究”目前已经收集筱竹复合群材料9属119种4变种，已完成rpl32-trnL、trnT-trnL、ycf4-cemA、trnG-trnT、rps15-ndhF、rbcL-psaI六个叶绿体片段的8属97种3变种共计150个体的测序工作。

十二五期间，中科院在创新科技活动组织模式方面，建立了由战略性先导科技专项、重点部署项目和研究所自主部署项目三个层次构成、三者间相互衔接的院科技项目体系。自主部署项目原则上由研究所自主布局、自行立项和自我评价，研究所自主部署项目使得研究所有更大的统筹协调能力。昆明植物所围绕研究所重点学科布局和人才队伍建设以及培育新的学科增长点，通过研究所顶层设计项目申报领域和方向及申报资格、项目负责人自由申报、专家组评议和研究所核定的程序，针对已有较好基础和积累的重要研究领域部署了相关项目，特别是针对该所具有发展潜力的35岁以下的青年骨干和留所博士开展基础、前沿和交叉学科的研究工作进行了支持。