在国家基金项目(NO.40771073)的资助下，中国科学院昆明植物研究所孙航研究组从植物区系层面、类群层面和物种种群层面三个层次入手，从时间和空间上对横断山植物区系及生物地理学特征进行了系统研究。主要研究进展和结果如下：（1）发现了横断山3500-3900米是物种垂直梯度分布带（每百米带）物种丰富度是最大的。而总体上在海拔3000-4000米段物种最丰富海拔范围，是横断山区植物多样性剧烈分化或辐射进化的重要场所。（2）对横断山植物区系进行了定量的分析，确立了北纬29度线是横断山南北植物区系的分界线，指出横断山南段植物区系拥有横断山总面积的40%，但确拥有80%以上的物种和特有种，是中国喜马拉雅植物区系的核心，建议横断山在植物区系区划上可以分为南北2个亚区。该研究还完成了中国自然地理系列专著《植物地理》（植物区系地理）的编写并交出版社。（３）横断山植物区系起源是多源的（有古地中海、北半球高纬度和就地起源）；（４）形成的时间也是多阶段的，但大多是在（大约在中新世-上新世）；（５）同时，研究还表明该区植物区系在地质历史上通过白令陆桥，或者是更早通过北大西洋路桥相互间有交流；而长距离传播可能是较年轻间断形成的重要方式。（６）横断山地质环境变化对横断山植物分布格局的影响，不仅体现在高原和山脉以及气候变化上，而且也体现在河流水系的变迁上。河流和水系的变迁可导致连续的分布格局变成间断或是间断分布变成连续，对植物分布格局以及新种系的产生同样有重要的作用。(７) 横断山高山植物进化过程中形成棉毛结构等，具有多重的生态适应功能，能保证这些植物能在高山极端环境和短暂的生长周期中顺利完成生长繁育。

共发表国际SCI期刊15篇，在JCR 30% Top Journal中发表４篇，其中包括American Journal of Botany、Molecular Phylogenetic and Evolution、Taxon等著名期刊；专著2部。此外，项目研究还采集了植物标本5000余号，积累和丰富了植物学研究的基础资料；培养了７名研究生。

通过该项目的研究，积累了丰富的资料，在研究横断山区植物区系等方面已形成了特色，在该区域植物区系地理学等领域的研究已在国内外形成了广泛的影响，形成了独特的优势。本项目2010年度已经结题，在昆明植物所组织的国家基金项目结题验收会中综合评价为优秀。