该创新组三年来，发表SCI论文24篇。围绕壳斗科的系统演化和物种形成、古气候变迁等三个方向的主要进展如下：

1、壳斗的演化历史与系统发育假说的提出：

结合分子系统学和大化石证据，讨论了壳斗演化的规律。研究结果支持壳斗具枝性性质，来源于二歧聚伞花序最外侧小枝的假说。在比较3个壳斗演化模型基础上，根据4种分子系统关系的一致性重建了壳斗的演化历史：壳斗是单系起源；水青冈的2果4裂瓣壳斗是最早分化的壳斗类型，三棱栎型壳斗是较晚分化的类型，并支持具有内裂瓣的金鳞果类型壳斗可能与其他横切面为圆型的壳斗有较近的共同祖先。这一结果也得到了确凿的、多个大化石证据的支持。这些结果为进一步探索壳斗科的演化历史和系统发育提供了新的证据。

2、栎属青冈亚属花与果实发育研究结果为栎属系统发育提供新的佐证：

对青冈亚属中的滇青冈的花和果实发育过程进行了研究，并且把研究结果同先前栎属中的其它分支的资料比较。并且根据最近的分子系统学研究的结果对本研究的结果进行了进化学意义方面的解释。不仅对滇青冈花和果实的发育进行了解剖学研究，也和栎属以及壳斗科的其它种花和果实的研究结果进行了比较。

3、化石资料为南极始新世古气候重建和喜马拉雅的隆升提供新的证据：

对南极始新世假山毛榉化石进行了研究，从叶形态学角度,为假山毛榉科的建立提供了证据。讨论与假山毛榉属的叶相似的印痕化石命名问题，并为这类化石建立了一个形态属—Nothofagofolia gen. nov。描述西南极南设得兰群岛乔治王岛费尔得斯半岛化石山新采集的这类叶化石中的新代表，报道2个新种，2个新组合，1个未定种；讨论和修订了已发表的这个产地的假山毛榉属叶化石。

利用高山栎化石推测喜马拉雅的隆升。2002年Spicer在Nature发表了一篇文章利用西藏南木林的化石推测了喜马拉雅的隆升认为青藏高原在中新世已经达到了现代的高度并且一直保持在现在的高度。结合对栎属高山栎组的综合研究，以及西藏希夏邦马峰和南木林两个化石点最接近现代类群的共存区分析，佐以化石群所代表的植被类型在共存区垂直分布范围，分析了徐仁和Spicer关于青藏高原隆起幅度的研究结果，重新推测了上述两地的古海拔。不支持Spicer认为该地区从中新世以来就没有抬升的观点。

4、滇西北生物多样性热点地区的确定：

滇西北地区不仅是全球生物多样性保护的热点地区之一，也是中国珍稀濒危和特有植物的重点保护地区，如何确定该地区植物多样性的优先保护区域，可为保护措施的制订、自然保护区的建立提供有益的依据。在建立珍稀濒危和特有植物数据库的基础上，运用GIS技术，对滇西北地区金沙江、澜沧江、怒江及独龙江流域15个县162个乡境内的97种珍稀濒危植物和703种特有植物的空间分布格局和生境进行统计分析，确定了独龙江流域、玉龙雪山、哈巴雪山、白马雪山、梅里雪山、苍山、千湖山、高黎贡山和碧落雪山、以及该地区的高山生态系统应为滇西北地区植物多样性的优先保护区域，这些区域大多已建立自然保护区，说明自然保护区在该地区植物多样性保护中发挥着重要的作用。

5、重楼系统演化的研究：

重楼是重要的药用植物，主要分布于欧亚大陆的温带地区，基本完成了重楼属的分类修订和分子系统学研究工作，澄清了有关重楼属分类学范围的长期争论；根据形态学和分子证据，重建了重楼属的属下分类系统；发现我国西南地区重楼属植物间可能存在着频繁的自然杂交或基因渐渗，提出杂交在重楼属的物种形成和适应性进化中发挥重要作用的假说；阶段性研究成果在Annals of Botany 等期刊上发表。

6、其它进展：

2008年该创新组承担了科技基础性工作专项重点项目“青藏高原特殊生境下野生植物种质资源的调查与保存”的“滇西北和川西高原特殊生境植物种质资源调查”专题。为完成本项工作，在8月、9月分别组织了2次为期25天的野外考察和采集工作。主要对滇西北高原的成熟种子、花果期植物标本及分子材料进行采集工作。考察活动中，队员们克服了高海拔地区的恶劣气候，齐心协力，努力工作，考察涉及高原沼泽地、高原草甸、高寒地区针叶林及针阔混交林、矮灌丛以及流石滩等生境，认真细致的采集高原地区各种生境下的野生种质资源。通过2次野外考察，本研究组共采集到植物种子380个单元，种子植物标本1270号。圆满完成了今年的野生种质资源采集任务。

在生物信息系统的建设中，该创新组近10来长期以来一直从事中国科学院昆明植物研究所数字化标本馆建设工作，到目前为止该数据库共录入标本82.1万，标本图片75.8万。该项目已完成的类群有：种子植物标本共计：72.4万（图文），真菌标本共计：4.6万。