三年来，该创新组围绕真菌的群体遗传学、系统学及生物地理学等研究方向，对重要经济真菌松茸的群体遗传学和冬菇属的系统学进行了较为深入的研究。共发表SCI论文10篇。获2007年度教育部高等学校自然科学奖二等奖（排名第五）。

在构建松茸总基因组文库基础上，研究组从200余个随机克隆中分析了72,000余个核苷酸，并从中选取20个适宜的基因片段，设计了引物，用于对两个相距350 km的菌株进行扩增和测序，共测10,000 余个碱基。目的在于寻找单核苷酸多态性（SNPs）在研究松茸群体遗传结构中的可行性。在上述研究基础上，利用限制性内切酶，对其他31株松茸的SNPs进行了研究。发现利用单核苷酸多态性和单倍型对于认识松茸的遗传学、种群历史、生态学及进化有较重要的意义。发现在松茸各居群内菌株间有丰富的遗传差异，居群间有较低但显著不同的遗传差异，这种差异与地理距离呈正相关关系；松茸的有性繁殖和基因重组对维持松茸居群间的基因交流有重要作用，这提示我们，从保护生物学角度出发，采摘时保留一定数量的成熟个体是必要的，这有利于实现有性繁殖和基因重组。居群间的遗传差异与海拔高低无关，中低海拔松树下的松茸与高海拔高山栎下的栎松茸实为同一种，这解决了长期争论的松茸和栎松茸的分类学问题。

过去真菌学家们一直认为我国冬菇属只有1种。利用分子系统发育研究手段，对世界上现知的种类进行了研究，发现我国有4种，喜马拉雅-横断山可能是除欧洲之外的另一个多样性中心，淡色冬菇是一个泛北极分布的种，并非泛白令海峡分布种。我国的冬菇与加拿大西海岸的一个居群有较近的亲缘关系，而与欧洲和美国的关系较远。这两项成果都在JCR前15%的刊物上发表。

该创新组还对鬼笔腹菌、层蘑菇属等属真菌进行了研究，发表10新种及我国的2新记录属。