经评选，2008年我所共有3个项目获得国家自然科学基金委员会与云南省人民政府联合基金（简称NSFC－云南联合基金）首批资助。这3个项目分别是由杨祝良研究员主持的“西南山地大型经济真菌的群体遗传学与保护研究”，孙汉董研究员主持的“云南特有香茶菜属植物中抗癌活性成分及其作用机制研究”，和陈纪军研究员主持的“云南特有中药青叶胆抗乙肝病毒活性成分与作用机制研究”。成为该联合基金首批资助项目最多的单位之一，总资助经费518万元。

据悉，NSFC－云南联合基金的协议书签字仪式于2008年4月20日在昆明举行。云南省是继广东省之后，第二个与国家自然科学基金委员会设立联合基金的省份。根据协议，NSFC－云南联合基金总额为每年3000万元，由国家自然科学基金委员会与云南省人民政府在协议期内每年分别出资1500万元共同设立。 NSFC－云南联合基金根据云南省经济与社会发展的需求，结合国家战略发展布局，重点选择以生物多样性保护、矿产资源综合利用与新材料、资源与环境、人口与健康等相关领域，吸引和集聚全国范围的科学家，与云南的科技人员相结合，开展基础研究。

NSFC－云南联合基金的设立，为云南在国家层面上搭建了一个新的科技支撑平台，将为云南省稳定、吸引、培养和集聚一批全国一流的科技人才，努力解决云南省经济、社会和科技未来发展中的重大科学问题和关键技术问题，加快创新型云南的建设；同时，也是满足国家科技发展的需要，推进相关学科领域的进步与突破，促进区域乃至国家自主创新能力的提升，为科学进步和创新型国家建设做出贡献。