中国科学院青藏高原研究所是根据国家经济社会发展重大战略需求，面向世界科学前沿，按照新的体制和模式，经院党组决定，新组建的研究单元之一。2003年3月3日，中科院正式任命了青藏高原研究所的领导班子成员，12月2日，中央机构编制委员会办公室复字〔2003〕165号文件《关于中国科学院青藏高原研究所等单位机构编制的批复》，正式批准了青藏高原研究所的成立。  

　　青藏高原研究所实行“一所三地”的特殊运作方式，分别在北京、拉萨和昆明设“部”。其中，北京部主要负责建立高水平的研究室和开展室内科研，提供便利的国际学术交流舞台，以及吸引国际一流研究人才，组建具有国际水平和创新能力的科研队伍等工作；拉萨部主要负责野外实验研究和支撑系统台站的运行与管理；昆明部（全称：中国科学院青藏高原研究所昆明部，英文全称为“INSTITUTE OF TIBETAN PLATEAU RESEARCH AT KUNMING, CHINESE ACADEMY OF SCIENCES”）是青藏所与昆明植物所联合共建的研究单元，主要负责开展极端环境生物种质资源研究和建立种质资源库等工作。